Nadležno za operativnu provedbu mjera izravne potpore, mjera ruralnog razvoja, mjera za pomorstvo i ribarstvo (u dijelu delegiranih funkcija) i mjera zajedničke organizacije tržišta, kao i vođenje upisnika i registara te održavanje i korištenje Integriranog administrativnog i kontrolnog sustava (IAKS-a) preko kojeg se zaprimaju, obrađuju i kontroliraju izravna plaćanja poljoprivrednicima.